Parmi les pathologies héréditaires qui peuvent affecter les yeux des Borders collies, de nombreuses anomalies sont fréquemment observées chez les chiens issus de croisements entre Border porteurs du gène Merle.

Ce constat est l'une des raisons pour lesquelles les croisements entre chiens à robes merle sont incompatibles en France avec une inscription a LOF des portées qui en résultent. En effet, l'AFBC exige , pour qu'une portée puisse être inscrite au LOF provisoire, que l'un au moins de ses parents soit noir et blanc ou noir, porteur ou non de marquages fauves.

Outre les problème d'auditions, les anomalies qui découlent des mariages entre 2 chiens Merles peuvent affecter différentes parties de la structure de l'oeil, qu'il s'agisse de la pupille, des parties internes ou de sa structure externe, avec, dans ce cas, une formation incomplète de l'oeil. Il en résulte ce qu'on appelle des microphtalmies, c'est dire des yeux plus petits que la normale. L'importance de la microphtalmie est variable, à la fois d'un sujet atteint à l'autre, et d'un oeil l'autre chez un même sujet. Cette formation incomplète peut aller jusqu'à l'anophtalmie, c'est à dire l'absence totale de formation de l'oeil.

Les 2 yeux ne sont pas forcément affectés de manière symétrique.
La vision est généralement déficiente, allant de la malvoyance légère ou partielle à la cécité totale.